Doctorado en la Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM), Matos Moctezuma es conocido especialmente por el descubrimiento a finales de la década de 1970 del Templo Mayor, un enorme sitio arqueológico de la antigua México-Tenochtitlán, la capital del imperio mexica (hoy en el centro histórico de Ciudad de México).
El científico tiene en su haber "más de quinientas publicaciones, entre artículos, reseñas, catálogos, guías y semblanzas", así como numerosos libros, sobre sus hallazgos arqueológicos, una labor de difusión que ha completado con "varios programas en los museos mexicanos, destinados a acercar los contenidos a los menores o a personas con discapacidad física o intelectual", señaló la nota de prensa de la Fundación Princesa de Asturias.
Catedrático de la Escuela Nacional de Antropología e Historia (ENAH) por más de tres décadas, Matos Moctezuma también dirigió otras destacadas investigaciones en sitios mexicanos como Tula, importante capital del mundo prehispánico, y Teotihuacán, "donde excavó la Pirámide del Sol y fundó el Museo de la Cultura Teotihuacana y el Centro de Estudios Teotihuacanos", señaló el comunicado.
El jurado de este premio dotado con 50 mil euros (unos 52 mil 600 dólares) recompensó sus trabajos en estos sitios arqueológicos, a los que calificó de "páginas ejemplares del desarrollo científico de la arqueología y del diálogo fecundo con el pasado, entre culturas distintas y entre las ciencias sociales y humanas".
Doctor honoris causa por la Universidad de Colorado y la UNAM y con una cátedra que lleva su nombre en la Universidad de Harvard, Matos Moctezuma ha recibido numerosos reconocimientos a lo largo de su carrera, tanto en su país como a nivel internacional.