Verstappen tuvo que conformarse con la sexta plaza. El actual campeón del mundo puede revalidar el título el domingo si gana la carrera y marca la vuelta más rápida.
Su principal rival, el monegasco Charles Leclerc, de Ferrari, marcó el tercer tiempo en estos primeros entrenamientos.
La lluvia dominó la sesión en la que el alemán Mick Schumacher sufrió un accidente una vez ya había caído la bandera de cuadros y rompió el frontal de su coche.
El entreno fue decepcionante para los Mercedes: el siete veces campeón del mundo Lewis Hamilton quedó en 13ª posición y su compañero George Russell, en la 18ª.
Los diez mejores tiempos de la primera sesión de entrenamiento del Gran Premio de Japón el viernes:
1. Fernando Alonso (ESP/Alpine) 1:42.248
2. Carlos Sainz (ESP/Ferrari) 1:42.563
3. Charles Leclerc (MON/Ferrari) 1:42.634
4. Esteban Ocon (FRA/Alpine) 1:43.022
5. Kevin Magnussen (DEN/Haas) 1:43.258
6. Max Verstappen (NED/Red Bull) 1:43.362
7. Mick Schumacher (GER/Haas) 1:43.761
8. Lando Norris (GBR/McLaren) 1:43.889
9. Valtteri Bottas (FIN/Alfa Romeo) 1:43.969
10. Sergio Pérez (MEX/Red Bull) 1:44.234